此本經各品大旨
本經編次共分十品，初〈行由品〉者，明六祖行說無上道之來由。由於慧根宿植，機緣成熟，出世為人，信敬佛法，解法義趣，行無上道，證無所得；如是自行化他，無自無他，先了本無，任運無住；復明他心，知其古今，不厭有無，亦非取捨；不賢不愚，離迷離悟，為過量人，通佛祖心，超然圓滿，應為本能，為自行來由。用作化他，行說由之，故曰行由也。
第二〈般若品〉者，顯眾生本具般若智慧，又名自性般若，人人本具，各各現成。衹緣心迷，不能自悟，須假大善知識示導見性。悟此法者，智慧常現，不離自性，即是無念無憶無著，不起誑妄，放下思惟。用自真如性，以智慧觀照於一切法，不取不捨，即是見性成佛也。
第三〈疑問品〉者，入道之要妙在起疑，有疑即問，疑解義顯，因義明理，知末悟本。蓋由一切眾生不知實無之義，凡有言說皆認為實有，未知諸佛方便施教之旨，亦即未明自己本份大事，常懷貢高，誇己學問，向外逐求，捨本逐末，孰能憐之？孰為愍之？此祖師婆心一片，故曰：「有疑即問。」乃為决疑，示見用意如此，故從「疑問」以名之。
第四〈定慧品〉者，從用上顯體，所謂：「不離當處常湛然。」是也。世人以為守實一處，意想不移，名之為定，分析事理極之詳審為慧，簡直劃分定慧為二。不知慧是其體，定是其相，發揮其不二之作行為用。故此品謂定慧一體，不是二。定是慧體，慧是定用；又可說慧是定體，定是慧用；亦可說定慧即體、即相、即用。乃因明白其不是二，不論作何說，皆成為活潑潑地不亂不糊塗，便符合定慧等也。故以一行直心以表入用之門云。
第五〈坐禪品〉者，一切時中總是禪，既不著坐，又不看心，亦不看淨。無念法中無障無礙，外於一切善惡境界，心念不起，名為坐；內見自性不動，名為禪。如是乃名坐禪。
第六〈懺悔品〉者，從五受陰洞達空無所起，無垢無淨，即是自性五分法身，名為無相懺悔。故曰：「此事須從自性中起，於一切時念念自淨其心，自修其行，見自己法身，見自心佛，自度自戒，莫向外覓，莫被愚迷憍誑嫉妒染。以發願皈依自性三寶，自識一體三身自性佛，但行無念，積劫迷罪，一時消滅。」故以懺悔名之。
第七〈機緣品〉者，佛法重在當機，此當機之緣若成熟，則刹那頃便證佛慧。當前一機之緣，各各不同，善導者，咸令會歸一實，成其方便之妙用，皆從自性起。不與法縛，不求法脫，是真能解粘去縛者。所謂：「湛然常寂，妙用恒沙」是也。以當機為緣，觀機之緣看其機緣，善為說法。故曰機緣品也。
第八〈頓漸品〉者，所謂根有頓漸，緣立宗趣，宗趣分矣，即是規矩。所謂法本一宗，無念是也；法即一種，見性是也。人有南北，見有遲疾，人有分別，根有利鈍。其實法本無法，法無頓漸，因人而施，故名頓漸。故曰：「若悟自性，亦不立菩提涅槃，亦不立解脫知見，無一法可得，方能建立萬法。」若解此意，亦名佛身，亦菩提涅槃，亦名解脫知見，如是云爾。
第九〈護法品〉者，原為國朝崇敬事蹟，以明執政者擁護佛法之宏願，在佛世時已有之。今此經之有護法亦不例外，為間接傳付說法之作用，以傳使直接受法益而周全，反而間接獲善利，故雖言簡而義實賅括，是以謂：「汝若欲知心要，但一切善惡，都莫思量，自然得入清淨心體，湛然常寂，妙用恒沙。」云云。
第十〈付囑品〉者，付其一生所行證之結果，囑諸門人以傳持流布，莫令斷絶也。故所說法要，鎔體相用於一爐共冶，使凡夫立躋祖位，運用之妙，存乎其人。言體與相，不出自心。切莫百物不思而於道性窒礙，又若聽說不修，令人反生邪念，但依法修行「無住相法施」。汝等若悟，依此說、用、行、作，即不失本宗。本宗云者，無念是也。又指示一相三昧，一行三昧為行入要門。務以眾生即佛，直下承當；自心即佛，更莫狐疑。外無一物而能建立，皆是本心生萬種法，與初悟見性，五個何期，前後呼應。今再囑汝令汝見性，初中後善，始終如一，乃以〈付囑品〉成化之。
按：禪宗之以無念為宗，故直指為頓教法門，不須修證。其階段雖經開示悟入之四大綱，當其開發自有之智慧時，第一關是了知本無實際。蓋一般以見不到、聞不到、覺不到、想不到（知不及）為無矣，實則仍屬有法，不過衹以見聞覺知所不到而已，非本無也。此真真正正另一本無之存在領域，界說義相，了了若見，分明清楚，故謂自性本來清淨，即本來無物之實相也。從此另一面為第二關，了知本有，未曾欠少，故六祖曰：「何期本不生滅，本自具足，本無動搖，能生萬法。」真悟徹本來之聖證也。故禪主「參」不是坐而有所證悟者：如與天地參之「參」，參贊化育之「參」，即置身於其間，與之平等同化，鼎足而立之謂也。此之意義甚為重要，後賢祈勿忽諸。